36協定の新指導方針とは？上限と特別条項を社労士が解説

36協定を正しく理解するためには、まず労働基準法の大原則に立ち返る必要があります。


●原則として「1日8時間・週40時間」を超える労働は違法である
労働基準法第32条では、法定労働時間について次のように定められています。

・1週間の労働時間：休憩時間を除き40時間以内（労基法第32条第1項）
・1日の労働時間：休憩時間を除き8時間以内（労基法第32条第2項）

また、労働基準法第35条では、使用者に対して「毎週少なくとも1回、または4週間を通じ4日以上の休日（法定休日）」を与えることを義務付けています。
日本の労働法制において、この法定労働時間を超えて労働させること（時間外労働）、および法定休日に労働させること（休日労働）は、原則として法律で禁じられています。

もし、後述する36協定の手続きを踏まずに、従業員に1日8時間を超えて1分でも残業をさせた場合どうなるでしょうか。 その場合、使用者は労働基準法第32条違反となり、同法第119条第1号に基づき「6か月以下の懲役または30万円以下の罰金」という罰則の対象となりえます。残業代を支払っているかどうかとはまた別の問題となります。


●36協定が持つ「免罰的効力（免罰効果）」とは
しかしながら、実際のビジネス現場において、クレーム対応や納期の集中、決算業務などにより、どうしても1日8時間・週40時間の枠内で業務が終わらない場面は避けられません。
そこで労働基準法第36条第1項では、次のような例外規定を設けています。

「使用者は、当該事業場に、労働者の過半数で組織する労働組合がある場合においてはその労働組合、労働者の過半数で組織する労働組合がない場合においては労働者の過半数を代表する者との書面による協定をし、厚生労働省令で定めるところによりこれを行政官庁（所轄労働基準監督署長）に届け出た場合においては、第三十二条から第三十二条の五まで若しくは第四十条の労働時間又は前条の休日に関する規定にかかわらず、その協定で定めるところによつて労働時間を延長し、又は休日に労働させることができる。」

労働基準法第36条に定められている労使協定であるため、実務上「36（サブロク）協定」と呼ばれています（正式名称は「時間外・休日労働に関する協定届」）。

この36協定が持つ法的な効果は、専門用語で「免罰的効力（免罰効果）」と呼ばれます。 すなわち、「本来であれば1日8時間・週40時間を超えて働かせたら労働基準法違反として処罰されるところ、適法に36協定を締結して労基署に届け出た場合に限り、その協定の範囲内で働かせても罰則を科さない（処罰を免除する）」という効果です。


●36協定だけでは社員に残業を命じることはできない
ここで、多くの経営者様が見落としがちな重要なポイントがあります。
36協定が持つのはあくまで「国（労基署）から処罰されない」という公法上の免罰効果だけであり、「労働者に対して残業を義務付ける（民事上の労働契約上の義務を発生させる）効力」までは持っていないという点です。

この点について最高裁判所は、日立製作所武蔵工場事件において、次のような判断を示しています。

・36協定を締結し届け出ただけでは、使用者が労働者に対して時間外労働を命じる権利は発生しない。
・使用者が労働者に時間外労働を命じるためには、就業規則や個別の労働契約等において、「業務上の必要がある場合には、36協定の範囲内で時間外・休日労働を命ずることがある」といった根拠規定が合理的な内容で定められている必要がある。

つまり、企業がいわゆる残業命令を適法に行うためには、
1. 刑事罰を免れるための36協定の締結・届出
2. 民事上の義務を発生させるための就業規則（または労働契約）の定めをする
というふたつが揃っていなければならないのです。

よく見る雇用契約書のひな形に「時間外労働の有無」の欄があるのを思い出してください。ここを「無し」としてしまうと、いくら36協定を締結・届出していたとしても残業を行わせることはできません。

36協定の免罰効果を発揮させるためには、法律で定められた手続きをクリアしなければなりません。特に重要なのが「①誰とどのように協定を結ぶか」と「②いつ労基署に届け出るか」の2点です。


●要件①：過半数代表者との適切な協定締結
事業場に労働者の過半数で組織する労働組合（過半数組合）がない場合、使用者は労働者の過半数を代表する者（過半数代表者）と36協定を締結する必要があります。
この「過半数代表者の選出プロセス」が適正でない場合に36協定が無効と判断されることがあります。 労働基準法施行規則第6条の2第1項により、過半数代表者になるためには以下の2つの要件を両方満たす必要があります。

1. 労働基準法第41条第2号に規定する「監督又は管理の地位にある者（管理監督者）」でないこと 工場長、部長、店長（役職名によらず実態で判断されます）などの管理監督者は、使用者側の立場に近い存在であるため、労働者代表になることはできません。
2. 36協定を締結する者を選出することを明らかにして実施される投票、挙手等の民主的な手続きにより選出された者であり、かつ使用者の意向に基づき選出されたものでないこと

もし、会社の社長や人事部長が「〇〇さん、今年も代表者としてここにハンコを押しておいて」と一方的に指名した場合や、社員親睦会の幹事を自動的に代表者にした場合はどうなるでしょうか。
これについて警鐘を鳴らしたのが、トーコロ事件です。 この事件では、会社の親睦団体である「友の会」の代表者が自動的に36協定の労働者代表として署名・押印していた事案において、最高裁は「過半数を代表する者の選出が適正に行われておらず、当該36協定は無効である」と判断しました。

36協定が無効になるとどうなるか。それは、免罰効果が根底から失われ、その期間に行わせたすべての時間外労働・休日労働が違法な残業となり、かつ就業規則上の残業命令の根拠も失われることを意味します。

過半数代表者を選出する際は、労働者主体で民主的に選ばれている必要があります。
ただし、労働者だけで代表者を選出するのが難しい場合、会社の意向が入らない形でのサポートを行うことは問題ないとされています。
たとえば、労働時間中に労働者代表を決めるための会議の時間や場所を提供する、選出方法についていくつか案を提示する（それを実際に使用するかは労働者側が決めます）程度であれば支配介入とはみなされないでしょう。

会社としても労働者代表がいない状態では手続きが進められないため、必要な配慮は行いましょう。


●要件②：労働基準監督署への「届出」によって初めて効力が生じる
どれほど適正に過半数代表者を選出し、協定書に労使双方が署名・押印したとしても、社内の金庫にしまっているだけでは36協定の効力は発生しません。

上記記載の労働基準法第36条第1項で「これを行政官庁に届け出た場合においては…」と規定している通り、36協定は所轄の労働基準監督署長に「届け出た日（受理された日）」から初めて法的な効力を発揮します。
ここで押さえておくべき実務上の鉄則があります。

・効力は遡及（さかのぼり）しない
たとえば、「4月1日からの1年間」を対象期間とする36協定を、うっかり忘れて4月15日に労基署へ提出したとします。この場合、4月1日から4月14日までの間は「36協定が存在しない無協定期間」となり、その期間中に1分でも残業をさせていれば労働基準法違反となります。必ず有効期間の開始日よりも前に届出を完了させなければなりません。

・事業場（拠点）ごとに届出が必要
労働基準法は「事業場単位」で適用されます。本社だけでなく、支店、営業所、店舗、工場などがある場合は、原則としてそれぞれの事業場ごとに過半数代表者を選出し、それぞれの所在地を管轄する労基署へ届け出る必要があります（一定の要件を満たす場合の本社一括届出をすることができます）。


●従業員への周知義務も忘れずに
36協定は労基署へ届け出た後、労働基準法第106条第1項に基づき、従業員に対して周知する義務があります。 作業場の見やすい場所への掲示・備え付け、書面の交付、または社内イントラネット等で常時確認できる状態にしておくことが必要です。就業規則と同じように36協定も周知する必要があります。

かつては、36協定の上限時間は厚生労働大臣の告示（行政指導レベル）にとどまっており、特別条項を使えば事実上は青天井で残業させることが可能でした。 しかし、2019年（中小企業は2020年）の働き方改革関連法の施行により、労働基準法の本則に罰則付きの上限規制が明確に規定されました。


●原則の上限時間（限度時間）
労働基準法第36条第3項および第4項により、時間外労働の限度時間は原則として以下のように定められています。

・1か月あたり：45時間以内
・1年あたり：360時間以内
（※1年単位の変形労働時間制（対象期間が3か月を超えるもの）の対象者については、1か月42時間・1年320時間以内となります。）

通常の業務においては、この「月45時間・年360時間」を1分たりとも超えて残業させることはできません。


●臨時的な特別の事情がある場合の「特別条項」
とはいえ、通常予見することのできない業務量の大幅な増加などに伴い、どうしても月45時間・年360時間の原則を超えて働いてもらわなければならないケースがあります。 その場合に例外的に認められるのが「特別条項付き36協定」です。
特別条項を設ける場合であっても、以下の4つの条件をすべて守らなければなりません。

1. 年間の時間外労働の合計が「720時間以内」であること（法定休日労働は含まない）
2. 1か月の時間外労働と休日労働の合計が「100時間未満」であること（99時間59分まで）
3. 対象期間内のどの「2か月・3か月・4か月・5か月・6か月」を切り取っても、時間外労働と休日労働の1か月平均がすべて「80時間以内」であること
4. 原則である月45時間（変形労働時間制は42時間）を超えることができる月数は、1年のうち「6か月（年6回）まで」であること
※この年6回目でのカウントは労働者個人ごとになります。

特に注意が必要なのが、上記②（単月100時間未満）と③（複数月平均80時間以内）の計算には、法定休日労働の時間数も含まれるという点です。 一方で、原則の月45時間や、①の年720時間のカウントには法定休日労働は含まれません。
この違いを理解していないと、「平日の残業は月75時間だったからセーフだと思っていたが、日曜日の法定休日出勤が10時間あったため合計85時間となり、2か月平均80時間を超えて法違反になっていた」という事態が発生します。


●「とりあえず業務多忙のため」では特別条項は認められない
特別条項を発動できるのは、「当該事業場における通常予見することのできない業務量の大幅な増加等に伴い臨時的に限度時間を超えて労働させる必要がある場合」に限られます。
そのため、36協定の届出書に書く特別条項の理由として、「業務多忙のため」「会社の売上目標達成のため」といった恒常的・抽象的な理由は認められません。 「突発的な仕様変更への対応」「大規模なシステムトラブル・クレーム対応」「予算・決算業務の集中」など、臨時的かつ具体的な事由を定める必要があります。

また、特別条項を発動する際には、協定で定めた手続き（過半数代表者への事前通知や協議など）をその都度踏む必要があり、さらに限度時間を超えて働く労働者に対する「健康及び福祉を確保するための措置」（医師による面接指導、勤務間インターバルの確保、代償休日の付与など）を実施することが義務付けられています。

そして、経営者様や人事労務担当者様が直近で必ず押さえておかなければならないのが、2026年9月からの労働基準監督署の指導方針の変更です。

これまでの時間外労働についての指導の中心が「月45時間を超える残業を行っている」すなわち特別条項を結んでいる場合に、一律で特別条項を結ばずに45時間以内に収まるように指導されてきました。ただ、特別条項自体は何ら違法性はないのに一律に45時間を超えた場合に指導されるのはおかしいとの反発があったのか、2026年9月よりその指導方針が変更になったことが発表されました。

45時間を超える労働時間に対する一律指導を取りやめ、「健康確保措置」が正しく行われているかを重点的にみるように変更されました。健康確保措置については特別条項を締結する際に必ず定めなければならない事項ですが、実務の現場では定めているだけで実際は行われていないなどその実効性が疑問視されていました。
また、特別条項を発動する際の手続き（労働者代表への申し入れなど）も正しく行われているかも近年は重点的に指導されるようになりました。

つまり、「特別条項をそもそも結ばせないようにする」指導方法から「特別条項を結んでもいいが、適切に運用されているか」を指導する形に変更になりました。

特別条項を締結している会社については、あらためて運用方法について見直しし、適正に運用がされているか確認してください。

36協定に関する法的な基本原則から、実務上の落とし穴、そして最新の労基署の指導動向までを解説してきました。

今回の重要ポイントを整理します。

1. 残業は本来「違法」であり、36協定は刑事罰を免れる「免罰効果」を生じさせるものに過ぎない。

2. 実際に残業を命じるためには、36協定だけでなく「就業規則等の根拠規定」が不可欠である。

3. 過半数代表者の選出が不適切（会社指名や親睦会代表の自動就任など）だと、36協定は無効となり過去の残業がすべて違法となる。

4. 36協定は労基署へ「届け出た日」からしか効力を持たず、遡及適用は一切認められない。

5. 上限時間（原則：月45時間・年360時間）と特別条項の4つの条件（年720時間、単月100時間未満、複数月平均80時間以内、年6回まで）を破れば罰則の対象となる。

6. 2026年9月以降の労基署の指導は「健康確保措置の実施」など特別条項に必要な手続きを行っているかを厳しく追及する方針へと変化している。

36協定は、「年に1回、決まった時期にハンコをもらって労基署に出すだけの年中行事」ではありません。
本来なら上限時間について労使で毎年話し合いを行い、見直しを行っていくことが推奨されています。

「自社の過半数代表者の選び方が適法か不安がある」「特別条項の手続きや健康確保措置が形骸化している」「労基署の調査に耐えうる勤怠・36協定管理体制を作りたい」とお考えの経営者様・人事ご担当者様は、ぜひ一度弊所までご相談ください。貴社の実態に即した、法的に盤石な労務管理体制の構築を全力でサポートいたします。

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